Phạm Quỳnh được coi là người đi tiên phong trong việc dùng tiếng Việt để viết lý luận. Dương Quảng Hàm đánh giá các công trình của ông là đã "luyện cho tiếng ta có thể diễn dịch được các lý thuyết, các ý tưởng về triết học, khoa học mới."[7]

Trước đây, cũng có nhiều người cho rằng ông gắn bó với các chủ trương chính trị của thực dân Pháp. Ông bị coi là "ru ngủ" thanh niên trí thức trong cái "hồn nước" mơ hồ, khiến họ đi chệch khỏi chí hướng làm cách mạng chống Pháp. Trong một thời gian dài, quan điểm chính thống của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa và Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam gọi ông là tay sai đắc lực của Pháp.[8]

Gần đây, tại Việt Nam bắt đầu có sự đánh giá công bằng hơn. Từ điển Văn học bộ mới (2004) coi ông là người có tinh thần dân tộc, ôm ấp một chủ nghĩa quốc gia theo xu hướng ôn hòa, lấy việc canh tân văn hóa để làm sống lại hồn nước. Kể từ năm 2000, nhiều tác phẩm của Phạm Quỳnh đã được xuất bản tại Việt Nam:

• Mười ngày ở Huế, Nhà xuất bản Văn học - 2001
• Luận giải Văn học và Triết học, Nhà xuất bản Thông tin, 2003
• Pháp du hành trình nhật ký, Nhà xuất bản Hội Nhà Văn, 2004
• Thượng Chi văn tập, Nhà xuất bản Văn học, 2007
• Du ký Việt Nam, Nhà xuất bản Trẻ, 2007
• Phạm Quỳnh - Tiểu luận viết bằng tiếng Pháp, Nhà xuất bản Tri thức, 2007 (gồm những bài diễn thuyết, bài báo ông viết bằng tiếng Pháp từ 1922 đến 1932)

Theo nhạc sĩ Phạm Tuyên - con trai của học giả Phạm Quỳnh, vào mùa thu năm 1945, Hồ Chí Minh đã nói với hai người chị của ông là Phạm Thị Giá và Phạm Thị Thức rằng: "Cụ Phạm là người của lịch sử, sẽ được lịch sử đánh giá lại sau này. Con cháu cứ vững tâm đi theo cách mạng".[9]

Ngày 28 tháng 5 năm 2016, hội đồng họ Phạm Việt Nam phối hợp cùng gia đình nhạc sĩ Phạm Tuyên tổ chức lễ khánh thành công trình trùng tu mộ phần và dựng tượng Phạm Quỳnh tại Thành phố Huế. Bức tượng bán thân Phạm Quỳnh do chính người cháu ngoại của ông là kiến trúc sư Tôn Thất Đại thiết kế với chiều cao 60 cm, bề ngang 50 cm, được đặt ở bục cao gần 2m nằm ngay sau ngôi mộ ông ở trước chùa Vạn Phước (phường Trường An, Thành phố Huế). Phía trước bia mộ được ốp tấm bia đá đen khắc ghi câu nói nổi tiếng của ông: “Truyện Kiều còn tiếng ta còn. Tiếng ta còn nước ta còn”.[10]